Brezovský, Jan: шукати на сайті Z-Library

Пожертвування 15 вересня 2024 – 1 жовтня 2024 Про збір коштів

Найбільша колекція наукових статей у сіті. 70,000,000+ безкоштовних статей.

Пожертвування 15 вересня 2024 – 1 жовтня 2024

Z-Library - одна з найбільших онлайн-бібліотек у світі, в якій зберігається більше 17,000,000 книг та 84,837,000 статей. Ми намагаємось зробити літературу доступною кожному. Сьогодні (15 вересня 2024) ми відкриваємо додатковий збір пожертвувань на підтримку та розвиток проекту.

Також БЕЗЛІМТНІ завантаження (протягом 31 дня після завершення пожертвування) доступні для ВСІХ користувачів, які підтримають проект в період збору коштів до 1 жовтня 2024.

Про збір коштів Детальніше

Підтримати

Книги
Статті (49)
Найпопулярніші
Перелік
- Перелік
- Таблиця

1

Computational tools for designing and engineering enzymes

Damborsky, Jiri, Brezovsky, Jan

Журнал:

Current Opinion in Chemical Biology

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.49 MB

english, 2014

2

HotSpot Wizard 2.0: automated design of site-specific mutations and smart libraries in protein engineering

Bendl, Jaroslav, Stourac, Jan, Sebestova, Eva, Vavra, Ondrej, Musil, Milos, Brezovsky, Jan, Damborsky, Jiri

Журнал:

Nucleic Acids Research

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.37 MB

english, 2016

3

Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases and its Modulation by Surface Loop Engineering

Zbynek Prokop, Yukari Sato, Jan Brezovsky, Tomas Mozga, Radka Chaloupkova, Tana Koudelakova, Petr Jerabek, Veronika Stepankova, Ryo Natsume, Jan G. E. van Leeuwen, Dick B. Janssen, Jan Florian, Yuji N

Журнал:

Angewandte Chemie

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 658 KB

english, 2010

4

Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases and its Modulation by Surface Loop Engineering

Zbynek Prokop, Yukari Sato, Jan Brezovsky, Tomas Mozga, Radka Chaloupkova, Tana Koudelakova, Petr Jerabek, Veronika Stepankova, Ryo Natsume, Jan G. E. van Leeuwen, Dick B. Janssen, Jan Florian, Yuji N

Журнал:

Angewandte Chemie International Edition

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 694 KB

english, 2010

5

Computational tools for designing and engineering biocatalysts

Jiri Damborsky, Jan Brezovsky

Журнал:

Current Opinion in Chemical Biology

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.13 MB

english, 2009

6

Computer-assisted enzyme engineering by modification of tunnels, channels and gates

Artur Gora, Jan Brezovsky, Jiri Damborsky

Журнал:

Current Opinion in Biotechnology

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 93 KB

english, 2011

7

Toxic effects of nine polycyclic aromatic compounds on Enchytraeus crypticus in artificial soil in relation to their properties

Klára Kobetičová, Zdeněk Šimek, Jan Brezovský, Jakub Hofman

Журнал:

Ecotoxicology and Environmental Safety

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 448 KB

english, 2011

8

Gates of Enzymes

Gora, Artur, Brezovsky, Jan, Damborsky, Jiri

Журнал:

Chemical Reviews

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 6.47 MB

english, 2013

9

Expansion of Access Tunnels and Active-Site Cavities Influence Activity of Haloalkane Dehalogenases in Organic Cosolvents

Stepankova, Veronika, Khabiri, Morteza, Brezovsky, Jan, Pavelka, Antonin, Sykora, Jan, Amaro, Mariana, Minofar, Babak, Prokop, Zbynek, Hof, Martin, Ettrich, Rudiger, Chaloupkova, Radka, Damborsky, Jir

Журнал:

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 742 KB

english, 2013

10

Are Time-Dependent Fluorescence Shifts at the Tunnel Mouth of Haloalkane Dehalogenase Enzymes Dependent on the Choice of the Chromophore?

Amaro, Mariana, Brezovský, Jan, Kováčová, Silvia, Maier, Lukáš, Chaloupková, Radka, Sýkora, Jan, Paruch, Kamil, Damborský, Jiří, Hof, Martin

Журнал:

Journal of Physical Chemistry B

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 785 KB

english, 2013

11

The effect of a unique halide-stabilizing residue on the catalytic properties of haloalkane dehalogenase DatA from Agrobacterium tumefaciens C58

Hasan, Khomaini, Gora, Artur, Brezovsky, Jan, Chaloupkova, Radka, Moskalikova, Hana, Fortova, Andrea, Nagata, Yuji, Damborsky, Jiri, Prokop, Zbynek

Журнал:

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 398 KB

english, 2013

12

Engineering Enzyme Stability and Resistance to an Organic Cosolvent by Modification of Residues in the Access Tunnel

Koudelakova, Tana, Chaloupkova, Radka, Brezovsky, Jan, Prokop, Zbynek, Sebestova, Eva, Hesseler, Martin, Khabiri, Morteza, Plevaka, Maryia, Kulik, Daryna, Kuta Smatanova, Ivana, Rezacova, Pavlina, Ett

Журнал:

Angewandte Chemie International Edition

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.27 MB

english, 2013

13

Software tools for identification, visualization and analysis of protein tunnels and channels

Brezovsky, Jan, Chovancova, Eva, Gora, Artur, Pavelka, Antonin, Biedermannova, Lada, Damborsky, Jiri

Журнал:

Biotechnology Advances

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 979 KB

english, 2013

14

Dynamics and hydration explain failed functional transformation in dehalogenase design

Sykora, Jan, Brezovsky, Jan, Koudelakova, Tana, Lahoda, Maryna, Fortova, Andrea, Chernovets, Tatsiana, Chaloupkova, Radka, Stepankova, Veronika, Prokop, Zbynek, Smatanova, Ivana Kuta, Hof, Martin, Dam

Журнал:

Nature Chemical Biology

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 786 KB

english, 2014

15

Fructose 1-phosphate is the one and only physiological effector of the Cra (FruR) regulator of Pseudomonas putida

Chavarría, Max, Durante-Rodríguez, Gonzalo, Krell, Tino, Santiago, César, Brezovsky, Jan, Damborsky, Jiri, de Lorenzo, Víctor

Журнал:

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.21 MB

english, 2014

16

Nanosecond Time-Dependent Stokes Shift at the Tunnel Mouth of Haloalkane Dehalogenases

Jesenská, Andrea, Sýkora, Jan, Olżyńska, Agnieszka, Brezovský, Jan, Zdráhal, Zbyněk, Damborský, Jiří, Hof, Martin

Журнал:

Journal of the American Chemical Society

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 559 KB

english, 2009

17

Computer-Assisted Engineering of the Synthetic Pathway for Biodegradation of a Toxic Persistent Pollutant

Kurumbang, Nagendra Prasad, Dvorak, Pavel, Bendl, Jaroslav, Brezovsky, Jan, Prokop, Zbynek, Damborsky, Jiri

Журнал:

ACS Synthetic Biology

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.72 MB

english, 2014

18

Maximizing the Efficiency of Multienzyme Process by Stoichiometry Optimization

Dvorak, Pavel, Kurumbang, Nagendra P., Bendl, Jaroslav, Brezovsky, Jan, Prokop, Zbynek, Damborsky, Jiri

Журнал:

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.11 MB

english, 2014

19

Balancing the Stability-Activity Trade-Off by Fine-Tuning Dehalogenase Access Tunnels

Liskova, Veronika, Bednar, David, Prudnikova, Tatyana, Rezacova, Pavlina, Koudelakova, Tana, Sebestova, Eva, Smatanova, Ivana Kuta, Brezovsky, Jan, Chaloupkova, Radka, Damborsky, Jiri

Журнал:

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.55 MB

english, 2015

20

Mechanism-Based Discovery of Novel Substrates of Haloalkane Dehalogenases Using in Silico Screening

Daniel, Lukas, Buryska, Tomas, Prokop, Zbynek, Damborsky, Jiri, Brezovsky, Jan

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.93 MB

english, 2015

21

Site-Specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence

Amaro, Mariana, Brezovský, Jan, Kováčová, Silvia, Sýkora, Jan, Bednář, David, Němec, Václav, Lišková, Veronika, Kurumbang, Nagendra Prasad, Beerens, Koen, Chaloupková, Radka, Paruch, Kamil, Hof, Marti

Журнал:

Journal of the American Chemical Society

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.27 MB

english, 2015

22

Wedelolactone induces growth of breast cancer cells by stimulation of estrogen receptor signalling

Nehybova, Tereza, Smarda, Jan, Daniel, Lukas, Brezovsky, Jan, Benes, Petr

Журнал:

The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.24 MB

english, 2015

23

Structural and functional analysis of a novel haloalkane dehalogenase with two halide-binding sites

Chaloupkova, Radka, Prudnikova, Tatyana, Rezacova, Pavlina, Prokop, Zbynek, Koudelakova, Tana, Daniel, Lukas, Brezovsky, Jan, Ikeda-Ohtsubo, Wakako, Sato, Yukari, Kuty, Michal, Nagata, Yuji, Kuta Smat

Журнал:

Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.40 MB

english, 2014

24

CAVER 3.0: A Tool for the Analysis of Transport Pathways in Dynamic Protein Structures

Chovancova, Eva, Pavelka, Antonin, Benes, Petr, Strnad, Ondrej, Brezovsky, Jan, Kozlikova, Barbora, Gora, Artur, Sustr, Vilem, Klvana, Martin, Medek, Petr, Biedermannova, Lada, Sochor, Jiri, Damborsky

Журнал:

PLoS Computational Biology

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.83 MB

english, 2012

25

PredictSNP: Robust and Accurate Consensus Classifier for Prediction of Disease-Related Mutations

Bendl, Jaroslav, Stourac, Jan, Salanda, Ondrej, Pavelka, Antonin, Wieben, Eric D., Zendulka, Jaroslav, Brezovsky, Jan, Damborsky, Jiri, Gardner, Paul P.

Журнал:

PLoS Computational Biology

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.26 MB

english, 2014

26

[IEEE 2015 16th International Scientific Conference on Electric Power Engineering (EPE) - Kouty nad Desnou, Czech Republic (2015.5.20-2015.5.22)] 2015 16th International Scientific Conference on Electric Power Engineering (EPE) - Point estimate of failure intensity and operational availability of electronic signaling railway equipment

Dudek, Jan, Hrbac, Roman, Krenzelok, Tomas, Brezovsky, Vladimir

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 527 KB

english, 2015

27

CAVER: Algorithms for Analyzing Dynamics of Tunnels in Macromolecules

Pavelka, Antonin, Sebestova, Eva, Kozlikova, Barbora, Brezovsky, Jan, Sochor, Jiri, Damborsky, Jiri

Журнал:

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 8.93 MB

english, 2015

28

Resolution of α/β-amino acids by enantioselective penicillin G acylase from Achromobacter sp.

Grulich, Michal, Brezovský, Jan, Štěpánek, Václav, Palyzová, Andrea, Kyslíková, Eva, Kyslík, Pavel

Журнал:

Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.04 MB

english, 2015

29

Substrate specificity of haloalkane dehalogenases

Koudelakova, Tana, Chovancova, Eva, Brezovsky, Jan, Monincova, Marta, Fortova, Andrea, Jarkovsky, Jiri, Damborsky, Jiri

Журнал:

Biochemical Journal

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.18 MB

english, 2011

30

Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources

Ison, Jon, Rapacki, Kristoffer, Ménager, Hervé, Kalaš, Matúš, Rydza, Emil, Chmura, Piotr, Anthon, Christian, Beard, Niall, Berka, Karel, Bolser, Dan, Booth, Tim, Bretaudeau, Anthony, Brezovsky, Jan, C

Журнал:

Nucleic Acids Research

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 756 KB

english, 2016

31

Engineering Enzyme Stability and Resistance to an Organic Cosolvent by Modification of Residues in the Access Tunnel

Koudelakova, Tana, Chaloupkova, Radka, Brezovsky, Jan, Prokop, Zbynek, Sebestova, Eva, Hesseler, Martin, Khabiri, Morteza, Plevaka, Maryia, Kulik, Daryna, Kuta Smatanova, Ivana, Rezacova, Pavlina, Ett

Журнал:

Angewandte Chemie

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.23 MB

english, 2013

32

Engineering a de novo transport tunnel

Brezovsky, Jan, Babkova, Petra, Degtjarik, Oksana, Fortova, Andrea, Gora, Artur, Iermak, Iuliia, Rezacova, Pavlina, Dvorak, Pavel, Kuta Smatanova, Ivana, Prokop, Zbynek, Chaloupkova, Radka, Damborsky,

Журнал:

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.47 MB

english, 2016

33

In-silico driven engineering of enantioselectivity of a penicillin G acylase towards active pharmaceutical ingredients

Grulich, Michal, Brezovský, Jan, Štěpánek, Václav, Palyzová, Andrea, Marešová, Helena, Zahradník, Jiří, Kyslíková, Eva, Kyslík, Pavel

Журнал:

Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.28 MB

english, 2016

34

Enzyme Tunnels and Gates As Relevant Targets in Drug Design

Marques, Sergio M., Daniel, Lukas, Buryska, Tomas, Prokop, Zbynek, Brezovsky, Jan, Damborsky, Jiri

Журнал:

Medicinal Research Reviews

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.09 MB

english, 2016

35

Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear β-Haloalkanes: Open-Solvated versus Occluded-Desolvated Active Sites

Liskova, Veronika, Stepankova, Veronika, Bednar, David, Brezovsky, Jan, Prokop, Zbynek, Chaloupkova, Radka, Damborsky, Jiri

Журнал:

Angewandte Chemie International Edition

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.33 MB

english, 2017

36

Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear β-Haloalkanes: Open-Solvated versus Occluded-Desolvated Active Sites

Liskova, Veronika, Stepankova, Veronika, Bednar, David, Brezovsky, Jan, Prokop, Zbynek, Chaloupkova, Radka, Damborsky, Jiri

Журнал:

Angewandte Chemie

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.83 MB

english, 2017

37

Ancestral haloalkane dehalogenases show robustness and unique substrate specificity

Babkova, Petra, Sebestova, Eva, Brezovsky, Jan, Chaloupkova, Radka, Damborsky, Jiri

Журнал:

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.53 MB

english, 2017

38

FireProt: web server for automated design of thermostable proteins

Musil, Milos, Stourac, Jan, Bendl, Jaroslav, Brezovsky, Jan, Prokop, Zbynek, Zendulka, Jaroslav, Martinek, Tomas, Bednar, David, Damborsky, Jiri

Журнал:

Nucleic Acids Research

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.04 MB

english, 2017

39

Inside Back Cover: Ancestral Haloalkane Dehalogenases Show Robustness and Unique Substrate Specificity (ChemBioChem 14/2017)

Babkova, Petra, Sebestova, Eva, Brezovsky, Jan, Chaloupkova, Radka, Damborsky, Jiri

Журнал:

Рік:

2017

Файл:

PDF, 1.14 MB

2017

40

Exploration of enzyme diversity by integrating bioinformatics with expression analysis and biochemical characterization

Vanacek, Pavel, Sebestova, Eva, Babkova, Petra, Bidmanova, Sarka, Daniel, Lukas, Dvorak, Pavel, Stepankova, Veronika, Chaloupkova, Radka, Brezovsky, Jan, Prokop, Zbynek, Damborsky, Jiri

Журнал:

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.52 MB

english, 2018

41

Impact of the access tunnel engineering on catalysis is strictly ligand-specific

Kaushik, Shubhangi, Marques, Sérgio M., Khirsariya, Prashant, Paruch, Kamil, Libichova, Lenka, Brezovsky, Jan, Prokop, Zbynek, Chaloupkova, Radka, Damborsky, Jiri

Журнал:

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 651 KB

english, 2018

42

CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories

Jurcik, Adam, Bednar, David, Byska, Jan, Marques, Sergio M, Furmanova, Katarina, Daniel, Lukas, Kokkonen, Piia, Brezovsky, Jan, Strnad, Ondrej, Stourac, Jan, Pavelka, Antonin, Manak, Martin, Damborsky

Журнал:

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 240 KB

english, 2018

43

Evolutionary Analysis is a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization

Beerens, Koen, Mazurenko, Stanislav, Kunka, Antonin, Marques, Sérgio M., Hansen, Niels, Musil, Milos, Chaloupkova, Radka, Waterman, Jitka, Brezovsky, Jan, Bednar, David, Prokop, Zbynek, Damborsky, Jir

Журнал:

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 837 KB

english, 2018

44

Molecular Gating of an Engineered Enzyme Captured in Real Time

Kokkonen, Piia, Sykora, Jan, Prokop, Zbynek, Ghose, Avisek, Bednar, David, Amaro, Mariana, Beerens, Koen, Bidmanova, Sarka, Slanska, Michaela, Brezovsky, Jan, Damborsky, Jiri, Hof, Martin

Журнал:

Journal of the American Chemical Society

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.52 MB

english, 2018

45

CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport

Filipovic, Jiri, Vavra, Ondrej, Plhak, Jan, Bednar, David, Marques, Sergio M., Brezovsky, Jan, Matyska, Ludek, Damborsky, Jiri

Журнал:

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

Рік:

2019

Файл:

PDF, 11.40 MB

2019

46

Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport

Stourac, Jan, Vavra, Ondrej, Kokkonen, Piia, Filipovic, Jiri, Pinto, Gaspar, Brezovsky, Jan, Damborsky, Jiri, Bednar, David

Журнал:

Nucleic Acids Research

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.39 MB

english, 2019

47

Deciphering the Structural Basis of High Thermostability of Dehalogenase from Psychrophilic Bacterium Marinobacter sp. ELB17

Chrast, Lukas, Tratsiak, Katsiaryna, Planas-Iglesias, Joan, Daniel, Lukas, Prudnikova, Tatyana, Brezovsky, Jan, Bednar, David, Kuta Smatanova, Ivana, Chaloupkova, Radka, Damborsky, Jiri

Журнал:

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.82 MB

english, 2019

48

Dynamics, a Powerful Component of Current and Future in Silico Approaches for Protein Design and Engineering

Surpeta, BartÅomiej, Sequeiros-Borja, Carlos Eduardo, Brezovsky, Jan

Журнал:

International Journal of Molecular Sciences

Рік:

2020

Файл:

PDF, 2.27 MB

2020

49

Recent advances in user-friendly computational tools to engineer protein function

Sequeiros-Borja, Carlos Eduardo, Surpeta, BartÅomiej, Brezovsky, Jan

Журнал:

Briefings in Bioinformatics

Рік:

2020

Файл:

PDF, 788 KB

2020